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可以经直肠和阴道观察前列腺、子宫、附件等器官的病变，无需充盈膀胱，且不受肥胖和肠气干扰，尤其适合不能憋尿及老年患者。
经直肠超声检查前列腺图像清晰，内部结构层次分明。能精确测量前列腺的体积；探测前列腺内较小的结石、钙化及囊肿；确诊前列腺增生和分型。而彩色多普勒超声血流成像能清晰地显示前列腺结节内部及周围血供情况，并结合经直肠超声引导下前列腺穿刺组织活检，是确诊前列腺癌的最有效方法之一。
经阴道超声检查子宫、附件，能清晰地显示子宫内膜及双侧卵巢形态、大小和卵泡，对子宫、卵巢血流研究比经腹探查更容易、更清晰，尤其对卵巢动脉的探测。在诊断子宫内膜病变；观察卵巢肿瘤血供情况，判断肿瘤良恶性；宫腔内占位性病变的鉴别诊断；诊断早期宫外孕及观测卵泡发育情况等方面具有独特优势。
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